في إطار متابعة ومعالجة الشكاوى تستخدم الهيئة آليات متنوعة، منها :
-
التحقيق والمتابعة الميدانية، حيث تلجأ الهيئة الى هذه الآلية للتحقق من إدعاء الشخص مقدم الشكوى وبحث شكواه مع الجهات المسؤولة.
-
المخاطبات الخطية ويتم ذلك للمطالبة بوقف الإنتهاك إذا كانت هناك أدلة قاطعة على وقوعه، أو إصلاح الخطأ وإنصاف المشتكي، أو -التحقق من الإنتهاك بالإستفسار عن صحة إدعاء المشتكي.
-
جلسات الإستماع حيث يتم تنظيمها مع مسؤولين في السلطة الوطنية الفلسطينية من أجل تسليط الضوء على الشكاوى العامة ومناقشتها علنا بحضور الأطراف ذات العلاقة.
-
تقصي الحقائق في إنتهاكات جسيمة لحقوق الإنسان.
-
التقارير الخاصة وتعالج القضايا التي تكون محل عدد كبير من الشكاوى.
-
المصالحة ويتم ذلك بموافقة المشتكي مع احتفاظه بحقه في اللجوء الى الجهات القضائية المختصة للمطالبة بحقوقه.