تتلقى الهيئة تمويلها من مجموعة ممولين مستقلين يؤمنون بمبادئ حقوق الإنسان ويسمى إتحاد الممولين، ويتكون من ستة ممولين هم:

وكالة التنمية والتعاون السويدية (SIDA).

الوكالة السويسرية للتعاون والتنمية (SDC).

مكتب الممثلية النرويجية لدى السلطة الوطنية الفلسطينية.

مكتب الممثلية الدنمركية لدى السلطة الوطنية الفلسطينية.

مكتب الممثلية الهولندية لدى السلطة الوطنية الفلسطينية.

مكتب تمثيل جمهورية فنلندا.

كما تتلقى الهيئة مساهمة مالية من الموازنة العامة للسلطة الوطنية منذ العام 2008، وذلك تماشياً ومبادئ باريس الناظمة لعمل الهيئات الوطنية لحقوق الانسان للعام 1993.

تقرير الهيئة المقدم للممولين عن الفترة 2008 -2010